Bασίζεται στην πρώτη σεζόν τηςτηλεοπτικής σειράς. Ωστόσο, αντί να παίζουν ως κύριος χαρακτήρας Michael Scofield , οι παίκτες παίρνουν τον έλεγχο του Tom Paxton, ενός πράκτορα της μυστικής οργάνωσης «The Company», με επικεφαλής τον Jack Mannix, ο οποίος πρέπει να πάει κρυφός ως κρατούμενος στο Fox River State Penitentiary για να εξασφαλίσει ότι ο ψεύτικα φυλακισμένος Λίνκολν Μπάροους θα εκτελεστεί στην ηλεκτρική καρέκλα. Το παιχνίδι χωρίζεται σε εννέα κεφάλαια, τα οποία αντιπροσωπεύουν όλα ένα μέρος της πραγματικής ιστορίας που ακολούθησε η τηλεοπτική σειρά.