Ως ο θρυλικός στρατιώτης Naked Snake, ή αλλιώς Big Boss, καλείσαι να εισχωρήσεις στην Camp Omega, μια «μαύρη» στρατιωτική βάση με κάθε λογής κρατούμενους για να πάρεις πίσω δύο σημαντικούς στρατιώτες σου. Πέφτοντας σε παγίδα, ο Snake γυρνά στην βάση του, η οποία δέχτηκε μια καταστροφική επίθεση, ενώ μια έκρηξη τον τραυματίζει τόσο που πέφτει σε κώμα, από το οποίο ξυπνά εννέα χρόνια αργότερα.
PS Plus required for online multiplay